Un dels punts que genera més dubtes es el de la gestió d'aplicacions i la seua instal·lació dins d'un entorn LliureX.
LliureX està adaptat al entorn i les exigencies del mon TIC dins de les aules. Per tant desde fa un temps la instal·lació de programari disponible està restringida a les aplicacions que han pogut ser previament analitzades per tal de comprovar que compleixen els requiriments per a ser utilitzades a les aules.
El catàleg de programari disponible, així com a alguns casos els motius pels quals no es troba disponible una aplicació concreta, es pot consultar desde el Portal d'Aplicacions Educatives.
Majoritariament el programari es troba al Zero-Center, desde on es poden instal·lar les aplicacions autoritzades.
LliureX es un sistema de base Ubuntu, la qual cosa en principi implica que instal·lar aplicacions no autoritzades está a l'abast dels usuaris amb els permisos corresponents. Caldrà fer-ho sempre acord a les indicacions del SAI, podent obrir una conulta a l'apartat corresponent.